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Eurofins Genomics NGS服务现在包括Illumina的最新测序平台


下一代测序技术(NGS)是在大约15年前引入市场的,它比第一代Sanger技术更快地进行DNA测序。事实上,要快得多:桑格测序可以在一个单独的反应中读取大约1000 - 2000个DNA碱基,而一个NGS运行可以产生60亿个碱基。

NGS并没有取代Sanger测序,但其更高的速度和功率使DNA测序可用于许多新的应用。其中一家充分利用其潜力的公司是Eurofins Genomics。今年4月,公司宣布于2018年11月开始在Illumina开发的最新测序平台NovaSeq6000上提供NGS服务。

雷竞技提款rapidmicrobiology就NovaSeq6000对其NGS服务的影响以及该技术的未来发展趋势,向Eurofins Genomics的NGS业务部门经理兼Eurofins测序部门总经理Thomas Brefort博士进行了采访。

问:你们通常向哪些类型的客户提供NGS服务,针对哪些应用?

一个。我们为广泛的客户提供下一代测序服务,如全球制药、生物技术和农业技术公司以及学术机构。

当然,全基因组测序是NGS的应用之一,但我们的服务组合并不局限于此。

我们进行微生物组或细菌分析,可用于不同的情况,例如,监测或评估皮肤微生物组,以确定疾病或帮助植物育种人员知道哪些有益或有害的微生物群生活在其植物上。

食品行业也越来越感兴趣,NGS可以准确识别食源性病原体并追溯其来源,或者通过确保——例如——作为金枪鱼出售的不是一种更便宜的鱼——来防止食品欺诈。

在临床领域,我们为癌症研究提供外显子组测序,不仅在肿瘤组织上,而且在液体活检上,使用简单的患者血液抽取来识别可操作的基因组突变。我们有多年的全外显子和肿瘤细胞学液体活检的经验。

问:NovaSeq6000如何扩展了你们的服务范围?

一个。它使我们测序DNA的速度比以前快了五倍,每个碱基的成本也更低。此外,它适用于各种输入材料,如降解的样品。这是Illumina之前的一些设备的限制,最初仅限于人类样本材料。

我们现在有了更高的产量,这意味着我们可以真正扩大我们的能力,在更短的时间内管理更多甚至更大的项目,根据我们的需求调整产出。提高速度使我们能够提供更快的周转时间,这在食源性疾病暴发和食品生产等方面非常重要。每个碱基的成本更低,也使我们在人类基因组测序领域更具竞争力,在这一领域,你需要大量的测序数据。

问:新机器是如何实现的?

一个。在去年安装NovaSeq6000之前,我们做了大量的准备工作。因此,实现是无缝的。

首先,我们设计了自己的一套独特的双指数(UDIs)来解决指数跳变问题,这是Illumina最新的NGS流细胞的一个典型问题,可能会导致样品之间的交叉污染。我们Eurofins Genomics oligonucletide Synthesis的同事合成了这些组合,然后在应用于我们的常规生产之前,经过NGS的彻底鉴定。这些ngs批准的Eurofins UDIs也将很快作为单独的寡核苷酸产品上市。

安装后,我们的研发团队进行了一系列全面的测试,以评估和比较每个不同管道的结果,并记录整个技术验证过程。测试证实,NovaSeq6000的输出和质量甚至比以前有了显著改善。

问:未来5到10年,NGS的发展方向是什么?

一个。我认为,这一曾经高度复杂的技术将越来越多地应用于日常应用,无论是诊断、医药、食品、农业还是直接面向消费者的检测。这些不断增长的需求和机会也反映在我们不断增长的产品组合中。NGS能够为我们之前无法解决的挑战提供答案,这将使更广泛的公众受益。

为了支持更广泛地采用和接受NGS,方向是简化设备和图书馆准备协议的处理。事实上,这是我们在内部完成的,通过将不同的处理管道组合成精益和简单的自动化处理过程。

更多的先进测序技术正在出现,称为第三代测序,具有产生更长的读取和更准确的潜力,但它们没有第二代技术的吞吐量。

然而,随着DNA测序的速度越来越快,规模越来越大,自动化程度越来越高,确保结果的可靠性将变得非常重要。这是通过一个专用的LIMS系统实现的,该系统可以在整个过程中跟踪样品的到达。

进一步的资源

以下是Eurofins基因组研究团队参与的四种不同领域的国际研究成果。

正如Brefort博士解释的那样:“像这样的研究是我们在总体上和内部推动创新的一个很好的方式。它们还展示了我们科学方法和技术的质量以及我们投资组合的全面性。”

1.微生物:宫颈阴道微生物组、BRCA1突变状态和卵巢癌风险之间的关系:一项病例对照研究

2.外显子组测序:通过全外显子组测序和功能研究优化范可尼贫血的分子遗传学诊断。

3.无细胞癌DNA中的表观遗传标记:循环肿瘤DNA甲基化分析在卵巢癌早期发现和治疗中的潜力。

4.血清DNA甲基化模式用于早期诊断弥散性乳腺癌。

5.细菌测序和分析:肺炎克雷伯菌O3亚型单克隆抗体的发现

了解更多关于Eurofins Genomics NGS服务


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发表日期:2019年11月11日

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