元人民币
SARS Variants Bank Lamba Delta Alpha Beta Gamma

«前一篇文章
INTEGRA VOYA……

3月30日2021附录:Cosmosid首席执行官Manoj Dadlani

从Microbiome的大数据中获取事实-采访cosmsid


Cosmosid是一个基因组学大数据公司,专注于传染病诊断,公共卫生监测,食品安全监测,药物发现和微生物组分析的微生物的快速鉴定。在COSMOSI雷竞技提款D的首席执行官Manoj Dadlani采访中,他描述了他们最近的SARS-COV-2测序的工作,微生物信息的深度可以在各个部门提供客户,以及他们的新直接消费肠道健康测试。

问:微生物组研究的一个重要部分是了解每个属/种的功能。你能向你的客户提供这些深入的信息吗?
Manoj:揭示微生物组的功能潜力无疑是生成霰弹枪代理数据的最大优势之一,伴随着宇宙的应变级分辨率能力。

可以查询像UniRef90这样的数据库,允许生成命中数据的蛋白质家族用MetaCyc反应(代谢酶)进行注释。这种类型的分析可以量化和重建微生物群落样本中完整的MetaCyc代谢途径。

此外,我们可以通过映射UNIREF_90基因家庭来实现GO功能的概述,以实现术语功能系统。利用浮标功能分析管道以及作为客户研究的一部分收集的分类学分析和其他元数据,我们可以真正解锁微生物组。

问:您在美国FDA精准医疗计划组织的两项竞赛中都获得了第一名,您与竞争对手在这个市场上的区别是什么?
Manoj:我们相信我们的CosmosID管道是我们真正的与众不同之处。它的开发是为了解决现代生物信息学的挑战,实现比传统方法更好的分类学分辨率,同时保持计算效率,并以更少的测序深度实现物种、亚种和菌株水平的分辨率。

我们的世界领先的平台利用我们高度策划的微生物基因组数据库,其中包含约16万个基因组和基因序列。这个广泛的数据库允许多界识别病毒、细菌、原生生物、真菌和噬菌体,以及微生物组样本中的毒力因素和抗菌素耐药基因。

凭借我们著名的检测特异性、精确度和灵敏度,我们将算法与先进的机器学习相结合,准确地识别客户样本中的系统稳定和分类信息丰富的标记。

问:例如,如果一个公共供水服务提供商想要找出饮用水中的完整微生物群,他们需要等待多长时间才能得到结果?
Manoj:cosmsid测序设备已经达到了成熟和运营效率的水平,我们的客户可以在3-5个工作日内快速周转样品。通过访问在吞吐量范围内的测序仪器,以及有效管理我们的工作负载,我们提供了一系列不同的周转时间。

问:在抗击COVID-19的斗争中,CosmosID是如何参与全球测序方法的?
Manoj:我们通过4种不同的方式积极抗击COVID:

  • 宏基因组

在过去的13年里,CosmosID一直在不断地策划微生物基因组,以进入我们的系统发育结构数据库。从理论上讲,这使我们能够在几乎任何样本类型的生物中检测到与我们数据库中的生物有系统发育相似性的生物。因此,纳入SARS-CoV-2基因组是合理的,以便学术研究人员和临床医生可以在他们的样本中检测到这种病毒。点击在这里阅读我们的博客文章,我们做了什么,怎么做的。你也可以在这里看到这种分析伟大的论文我们和约翰霍普金斯大学的团队一起发表了文章。

  • SARS-CoV-2凳子的测试

来自世界各地捐赠者的粪便样本被用于发现和治疗,以开发复杂的微生物疗法以及粪便微生物群移植(FMT)。

自疫情爆发以来,FDA表示,2019年12月1日以后采集的用于FMT的捐赠者样本必须进行病毒检测,以防止潜在的不良事件和SARS-CoV-2的进一步传播。雷电游戏app为此,CosmosID一直与世界知名的FMT中心OpenBiome、粪便库以及FDA合作,开发并部署一种符合标准的、有效的粪便样本中SARS-CoV-2检测方法。你可以点击阅读更多相关信息在这里

  • SARS-CoV-2废水检测

2020年9月,CosmosID推出了H2OBiome废水测试服务,为面临重新开放艰巨任务的市政当局、大学和学院提供了节约成本的服务。废水监测提供了一种局部预警手段。目前,美国各地的大学和学院都在使用CosmosID的H2Obiome检测服务,以增加对个别学生的COVID-19检测。

例如,CosmosID正在与马里兰州环境部和弗雷德里克县卫生部合作,监测污水处理厂污水中的SARS-CoV-2。检测特定建筑(如大学校园宿舍)的污水也被证明是一种有用的预警系统。你可以点击阅读更多关于我们的工作在这里在这里。

  • COVID病毒基因分型

通过分析SARS-COV-2基因组数据,我们能够跟踪SNP级别分辨率的传输。通过我们的云平台,我们能够充分自动化SARS-COV-2基因组数据的生物信息分析,包括令人担忧的变体,例如英国变体,南非变体,甚至是刚刚被刚刚标记的新加州变体。CDC。我们可以为那些没有任何生物信息学专业知识的人提供这个平台,因为自动化提供简洁,易于避免的报告。

问:食品中的病毒检测越来越受到关注,特别是由于当前的大流行,您对这一工作在未来covid -19后将如何发挥作用有何看法?
Manoj:整个食物链的微生物监测是宏基因组学的一个伟大应用——从农场到杂货店。现代方法的局限性是你通常只测试一个或几个有机体。因此,你可能会对样本中其他你没有预料到的微生物视而不见。病毒和其他微生物界自成立以来一直是cosmsid数据库的一部分,因此使我们能够采取一种笼统的方法来检测污染。我们的目标是开发一种非目标,但高度特异性的生物信息学方法,可以应用于一系列不同的应用,包括食品安全。

拿我们和CFIA一起做的案子来说沙门氏菌例如,检测生菜,或我们的李斯特菌在冰淇淋检测方面的努力。

cosmsid能够在几乎任何样本类型中实现多界、菌株级识别,因此我们将这种令人兴奋的技术应用于环境监测和公共安全的可能性是无限的;这是我们热爱的领域。

问:为什么标准化和经过验证的高分辨率微生物组分析很重要?
Manoj:有很多变量可能会影响宏基因组学的结果;从你收集样本的方式到使用的DNA提取方法、测序规范和你的生物信息学方法。自2008年CosmosID成立以来,我们一直在建立知识库,我们已经针对不同的样本类型和研究目的优化了工作流程,如水中的病原体检测vs人体、动物或环境中的微生物组测试。研究中提出的问题将最终影响我们采取的方法。

标准化是关键的,以确保可以比较时间随时间的结果,并且没有将不可避免的变化引入工作流程中。通过书面SOP,一个质量管理系统以及高吞吐量机器人等实验室基础设施,我们减少了操作员到运营商和测试日常变异性。

问:你能给我们一个典型的案例研究吗,你曾经帮助客户开发过产品?
Manoj:通常情况下,我们帮助企业在研究领域,在那里他们试图发现新的生物标志物来开发一个产品(如药物或营养产品)或我们支持公司试图了解微生物在一个系统,如传染病诊断测试或测试微生物分析。

我们最近的一个非常令人兴奋的项目是与一家名为Microbiome Labs的公司合作(最近被Novozymes收购)。我们和他们合作开发了一种直接针对消费者的肠道微生物组测试,叫做BiomeFx,根据四个标准将你的肠道微生物群与健康人群的肠道微生物群进行比较:

  • 你粪便中微生物多样性的数量
  • 你的微生物组与健康人群有多相似
  • 你粪便中潜在病原体的水平
  • 你大便中的抗生素耐药性水平

关于该测试的切削刃和新颖的是,它还测量肠道微生物组的功能属性,包括产生维生素,短链脂肪酸和其他关键代谢功能的潜力。结果包括如何通过营养,生活方式和补充剂的变化来堆放到健康的队列和建议,以改善您的独特肠道微生物组。

如果您想要有关Cosmosid服务的进一步详细信息,请使用下面提供的“请求信息”按钮。


标签:

发表日期:2021年3月30日

来源文章链接:查看


查看公司详细信息


«前一篇文章
INTEGRA旅行者的速度