在筛选和确认志贺毒素的液滴数字PCR（ddPCR）和qPCR之间的比较大肠杆菌（STEC）配有关联和无关联STX和EAE在牛肉矩阵

基于QPCR筛选STEC的方法具有区分样品含有两种物体含有两者的常见挑战STX和EAE（真阳性，联毒力）从样品中STX和EAE驻留在不同的生物（假阳性，未连接的毒力）。Bio-Rad公司提供了一个微滴数字PCR溶液中，DD-检查STEC解决方案，它演示通过分割完整细胞成液滴，其中发生细胞裂解及PCR扩增，从而增强通过降低假阳性反应的测试精度的毒力连锁分析的能力。为了评估ddPCR技术来检测和分辨能力大肠杆菌相比于定量PCR技术关联和无关联毒性细胞，进行食品安全网络服务和Bio-Rad公司之间的合作研究。

一组的三个矩阵，牛肉修剪，碎牛肉和MicroTally（N = 30），以每375克样品<5 CFU接种。对于每个样品类型，15个样品接种一个调节STEC应变与链接毒力基因（STX和EAE在相同的细胞）和15个样品与未连接的毒力基因的两个被调节的血清型的混合物（一个接种STX只有和一个用EAE只要）。

所有的样品进行了处理以下两个时间线为ddPCR技术的评估相比，定量PCR和一个确认测定，在图2所示的初级筛选测定法。1.根据时间表使用ddPCR作为初级筛选，将样品用于检测处理STX和EAE16小时后浓缩通过定量PCR（IQ-检查STEC VirX套件，Bio-Rad公司）和ddPCR技术（DD-检查STEC解决方案，Bio-Rad公司）。以下时间轴使用ddPCR作为确认测定，将样品处理对于8小时后富集使用qPCR初级筛选，随后通过ddPCR确认具有或不具有根据图1展示了标准再生。

图1

继美国农业部MLG 5C.00方案进行STEC的所有样品中文化的确认。通过qPCR和ddPCR测定获得的结果对在筛选和与关联和无关联的毒力基因区分STEC精度​​的参考方法进行了比较。
结果表明，ddPCR技术能够单独区分的存在STX和EAE和验证经由连锁分析这两种毒力基因（图2）的共存。

图2

ddPCR技术的标识所共存的能力作为初级筛选测定STX和EAE在一个单一的细菌通过降低假阳性反应的数目提高STEC试验的准确性。在这项研究中，ddPCR技术以下通过qPCR测定的初步筛选也证明了培养独立确认有用的。

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